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《新闻调查》发展的三个阶段：
从1996年到至今，随着中国社会的发展进步，《新闻调查》也经历了从多样化探索向调查性报道的飞跃，大致可以划分为三个时期：
第一阶段(1996年—2000年)——多元探索时期。
当时分管《新闻调查》的央视新闻评论部副主任袁正明提出 “从现实到理想”的“三步走战略”：主题性调查——事件性调查——内幕调查，在以主题性报道为主的同时，也对多种类型的节目进行了探索。
从1996年到1997年，是主题性调查占据主流的阶段。所谓主题性调查，就是先宏观立论然后找素材印证。选题多是关乎国计民生的重大社会热点问题，比如《国企改革备忘录》、《明天怎么看病》、《公交能否优先》、《铁路面临重大改革》、《买房：梦想还是现实》等等，后来还触及到相对敏感的干部人事制度改革，比如北京公开选拔副局级干部。
经过前面两年的探索和人员的磨练，1998年年初，《新闻调查》在栏目定位和节目质量上进行了认真的分析、总结和调整，逐渐确立了进军新闻主战场的栏目定位。对此，栏目的宣传词做了这样的表达：“重大新闻事件背景调查全面深入，国计民生改革热点话题难点疑点解惑;大时代背景下的新闻故事一波三折”。
1998年，《新闻调查》在重大新闻事件的主战场上取得了丰硕的成果：克林顿访华、政府机构改革、抗洪等重大历史事件历史时刻，《新闻调查》都有充分而厚重的表现，播出了《跨世纪的政府》、《面对分流的公务员》、《大国的握手》、《保卫荆江》、《荆江：第六次洪峰》、《钢铁八连》、《江总书记到安徽》等很有影响力的节目。
进军新闻主战场也使得《新闻调查》的收视率在1998年有了显著提高，平均收视率一直在列中央电视台9点时段前茅， 80%的节目进入当年全台收视率排名的前15名。这一年，《新闻调查》迎来了第一个丰收年，逐渐成为中央电视台的著名栏目。
另外，在这一阶段，《新闻调查》也进行了多种类型节目的探索，有舆情性调查，比如《一言难尽择校生》、《安全套进校园》;有历史揭秘调查，代表作是《恢复高考二十年》、《探寻东方马其诺防线》、《羊泉村记忆》;有纪录式调查，最著名的是两部获得国际大奖的作品《大官村里选村官》和《第二次生命》，还有心理层面调查，《从市长到囚犯》、《贪官胡长清》、《少年凶犯独白》、《戒毒者自白》;也有标准的调查性报道，即当时所谓的内幕调查——《透视运城渗灌工程》，对于探索时期的《新闻调查》来说，这期节目显得弥足珍贵。
第二阶段(2000年到2002年)——发展时期，提出“探询实事真相”。
从1996年开播到2000年，《新闻调查》进行了多元探索，不断拓展了新的空间和领域，制作了一系列反响强烈的节目。但同时，也给人们留下了包罗万象的印象。如何解决《新闻调查》的栏目收视期待问题，解决节目内容个性化问题，这也是困扰《新闻调查》多年的一个问题。
要解决观众的收视期待，解决栏目的个性问题，就必须把《新闻调查》与同类新闻评论节目、深度报道节目、专题节目区分开，就必须要有一个明确的节目诉求。于是，《新闻调查》开始思考放弃一些东西，提出了“探寻事实真相”的创作理念，并对真相做了解释和界定：“真相就是正在抑制或被遮蔽的实施。有的真相被权利遮蔽，有的被利益遮蔽，有的被道德观念和偏见遮蔽，有的被集体意识遮蔽，有的被狭窄的生活圈子和知识技术遮蔽”。而《新闻调查》的任务就是要通过记者的调查揭示真相，要挖掘出被一个机构或被一部分人遮掩的事实真相，挖掘内幕。
这个定位清晰后，主题性、话题性的选题逐渐淡出，突出的是对事件背后黑幕的调查，比如南丹矿难调查，山西煤矿的矿难调查，海登神话的背后、东突恐怖势力揭秘等等，《新闻调查》的品质越来越纯粹。一大批叫好又叫座的节目得以问世，如《行贿日记》、《少女董书君》、《黑色交易》、《温岭黑帮真相》、《绛县的经验》、《海登神话》、《行贿大公家》、《范李之死》、《远华大案》(上下)、《艾滋病人小路》、《南丹矿难内幕》、《黑哨内幕》、《药品回扣内幕》、《向农民道歉》、《与神话较量的人》、《揭密东突恐怖势力》等等，《新闻调查》迎来了历史上的第二个高峰。第一个收视高峰是1998年，由第一季度的《从市长到囚犯》、《大官村选村官》，到年中的抗洪系列报道，再到年底的《透视运城渗灌工程》，形成了《新闻调查》历史上的第一次收视高峰。#p#分页标题#e#
但是，“探寻事实真相”的道路，并不好走，从节目播出的现实情况来看，只能达到百分之五十的播出率;尤其在2002政策年中，“有真相被隐藏的地方就应该有新闻调查”就变得更为艰难，有十多期节目被毙，那一年类似《“东突”揭秘》、《与神话较量的人》这样能够代表《新闻调查》品质的标志性节目，仍是凤毛麟角。竭尽全力调查真相的《新闻调查》发现“一期一个真相”在当时的环境下几乎是一个不可能完成的任务。
第三阶段(2003年至今)——成熟时期，提出做真正的“调查性报道”，解决了栏目的核心竞争力问题。
2003年，《新闻调查》的生存环境再次发生变化。2003年5月8日，中央电视台第一套节目改版，《新闻调查》的播出时间从周六晚21:15改为周一的晚间10：35，由于播出时间的改变，造成了《新闻调查》两千多万的观众流失。和《新闻调查》处于同一时段的还有《实话实说》、《艺术人生》、《幸运52》、《曲苑杂谈》、《同一首歌》、《开心辞典》。与这些娱乐性很强的名牌栏目同台竞技，竞争非常激励。
其次，2003年5月1日新闻频道开播后，出现了很多新的新闻评论节目，共同争夺受众市场，尤其在央视实行末位淘汰制之后，收视率变得前所未有的重要，成为栏目生死攸关的参考因素。面对市场的压力，《新闻调查》作为一档高品质的新闻栏目，如何既坚守品位又能抓住观众，避免被市场淘汰，成为不得不考虑的问题。
而由《新闻调查》创办的大型新闻人物专访《面对面》于2003年的元月十一号正式开播。《面对面》开播以后，《新闻调查》由《从市长到囚犯》开创的被证明屡试不爽的一对一专访的节目样式，被剥离了出去。而这个被动的放弃，恰恰从另一个角度促使《新闻调查》的定位必须更加单一和明确。
这一时期，不仅中央电视台的小环境发生了变化，国家宣传政策的大环境也有了比较大的变化。首先是十六大顺利完成了第四代领导人的交接，新一届领导人创造了更为宽松的政治环境，提出的“贴近生活、贴近实际、贴近群众”的三贴近原则，在新的时代背景下给舆论监督指引了明确的方向，使得《新闻调查》做调查性报道有了更广阔的空间。为此台、中心、评论部各级领导要求《新闻调查》加大舆论监督力度，增加刚性报道，做真正的调查节目。而从开播那天开始，《新闻调查》人对于调查性报道的天然追求就一直没断过。
2003年4月，《新闻调查》在居庸关召开会议，新上任的第四任制片人张洁明确提出调查性报道将作为栏目发展的终极追求目标，把调查性报道作为《新闻调查》在电视市场上进行竞争的惟一优势。如果说2000年提出“探寻事实真相”解决了栏目的观众期待，那么提出做真正的调查性报道，则最终彻底解决了一个电视栏目的核心竞争力问题。此后《阿文的噩梦》、《“非典”突袭人民医院》、《农民连续自杀调查》、《张润栓的年关》、《派出所里的坠楼事件》、《无罪的代价》、《迟来的正义》、《命运的琴弦》、《山阴的枪声》、《钟祥投毒案再调查》等产生极大社会影响力的节目相继诞生。在历经7年多的探索与实践之后，《新闻调查》终于得以把调查性报道作为栏目终极追求目标和核心竞争力。
调查性报道的全面推行，使得《新闻调查》栏目的收视率明显上升，在中央台一套精品时段的排名中名列前三名，在2003年全台所有栏目的综合排名中，名列第七，其中专家评价一项第一，并被评为中央电视台优秀栏目一等奖。另外，据央视公众资讯统计，自2003年第三季度起，《新闻调查》的观众会员量名列榜首。2004年，在中央电视台所有栏目的综合排名中，满意度居第六位。